Απειλές
Το δάσος και οι δασικές εκτάσεις του Εθνικού Δρυμού Αίνου αποτελούν τυπικά μεσογειακά οικοσυστήματα, προσαρμοσμένα στις ιδιαίτερες κλιματο-εδαφικές συνθήκες της νησιωτικής δυτικής Ελλάδας. Τα δάση αυτά, όπως συμβαίνει με τα δάση ολόκληρης της χώρας, αντιμετωπίζουν πολλαπλές απειλές που συνοπτικά παρουσιάζονται κατωτέρω:
Η σημαντικότερη άμεση απειλή που αντιμετωπίζει το φυσικό περιβάλλον του Δρυμού κατά τη θερινή περίοδο, είναι οι πυρκαγιές. Η Ελάτη, ως γνωστό, δεν είναι πολύ ανθεκτική στις πυρκαγιές, λόγω του ξηρού και εύφλεκτου φυλλώματος και της ρητίνης την οποία περιέχει. Μάλιστα, ο κίνδυνος της πυρκαγιάς είναι μεγαλύτερος για την Ελάτη του Αίνου, γιατί αφ’ ενός μεν είναι εκτεθειμένη στους ισχυρούς ανέμους και στο ξηρό μικροκλίμα των ασβεστολίθων πάνω στους οποίους αναπτύσσεται και αφ’ ετέρου στην πρόωρη ανάπτυξη των ξηρών χόρτων κατά το θέρος, λόγω της υπάρχουσας υγρασίας του εδάφους.
Κτηνοτροφία
Η Δασική Υπηρεσία συνειδητοποίησε από πολύ νωρίς τον έμμεσο κίνδυνο υποβάθμισης του φυσικού πλούτου του Δρυμού από τη βόσκηση, γι’ αυτό προέβη αμέσως στην οριοθέτηση του και κατασκεύασε περίφραξη (1963) με σειρές αγκαθωτού σύρματος πάνω σε σιδηροπασσάλους. Παράλληλα με την κατασκευή της περίφραξης, εκδίδονταν κατά καιρούς και απαγορευτικές διατάξεις περί βοσκής από τη Διεύθυνση Δασών Κεφαλονιάς. Παρά τα μέτρα, όμως, αυτά ο κίνδυνος της βοσκής εξακολουθεί μέχρι και σήμερα να παραμένει σοβαρός, λόγω της μεγάλης εκμετάλλευσης των βοσκοτόπων γύρω από το Δρυμό από την ποιμενική και ημινομαδική κτηνοτροφία και την παραβίαση και καταστροφή της περίφραξης. Τα κτηνοτροφικά ζώα, κυρίως λόγω έλλειψης επιτήρησης, μπαίνουν στο Δρυμό και προκαλούν καταστροφή στην ποώδη-θαμνώδη βλάστηση και την αναγέννηση της Ελάτης. Η μακρόχρονη υπερβόσκηση του Δρυμού είχε ως συνέπεια, το έδαφος σε πολλές περιοχές να έχει φθάσει σε κατάσταση οριακής υποβάθμισης, με παράλληλη μείωση της βιοποικιλότητας.
Θήρα
Η αλόγιστη θήρα κατά το παρελθόν είχε ως αποτέλεσμα την σημαντική μείωση του θηραματικού πλούτου του Δρυμού. Με την κήρυξή του ως Εθνικός Δρυμός, απαγορεύθηκε το κυνήγι μέσα σ’ αυτόν. Λόγω της ευάλωτης φύλαξης του Δρυμού (έλλειψη προσωπικού, μέσων, κ.λπ.) για αρκετά χρόνια, την αλόγιστη θήρα διαδέχθηκε η λαθροθηρία. Στην σημερινή εποχή, παρότι η παράνομη αυτή δραστηριότητα έχει περιορισθεί σημαντικά, ακόμα καταγράφονται από το Φορέα κάποια μεμονωμένα κρούσματα λαθροθηρίας, τα οποία αντιμετωπίζονται σύμφωνα με τις διαδικασίες που επιτάσσει το δασικό δίκαιο με τη συμβολή της Διεύθυνσης Δασών Κεφαλληνίας.
Λαθροϋλοτομία
Η λαθροϋλοτομία αποτελούσε σοβαρή απειλή για το δάσος του Εθνικού Δρυμού σε προηγούμενες περιόδους. Σήμερα έχει περιορισθεί κατά πολύ. Παρόλα αυτά όμως έχουν παρουσιαστεί κρούσματα παράνομης υλοτόμησης ατόμων κεφαλληνιακής Ελάτης, τα οποία χρησιμοποιούνται ως χριστουγεννιάτικα δέντρα, καθώς επίσης και ατόμων πουρναριού, τα οποία χρησιμοποιούνται ως τροφή κτηνοτροφικών ζώων ή ως καυσόξυλα.
Επισκέπτες Εθνικού Δρυμού
Ο μεγαλύτερος αριθμός των επισκεπτών του Δρυμού διακινείται κατά τη θερινή περίοδο και, κυρίως, κατά τους μήνες Ιούνιο – Ιούλιο – Αύγουστο, ενώ τον χειμώνα παρατηρείται αύξηση τις ηλιόλουστες μέρες μετά από έντονη χιονόπτωση. Στην συντριπτική τους πλειοψηφία, οι επισκέπτες συμπεριφέρονται με σεβασμό στον χώρο του Εθνικού Δρυμού. Σε ελάχιστες περιπτώσεις όμως, παρατηρούνται πρακτικές (π.χ. παραμονή μετά τη δύση του ηλίου εντός του Δρυμού, άναμμα φωτιάς, απόληψη χλωριδικού υλικού), οι οποίες είναι αντίθετες με τον κανονισμό λειτουργίας του Εθνικού Δρυμού.
Τεχνικές υποδομές Εθνικού Δρυμού
Η εγκατάσταση ραδιοτηλεοπτικών και τηλεπικοινωνιακών αναμεταδοτών στην θέση Χιονίστρα, είχε ως αποτέλεσμα την υποβάθμιση των φυσικών χαρακτηριστικών του βιοτόπου και τον περιορισμό της περιοχής κάλυψης ενός μοναδικού ενδημικού είδους του όρους, της κεφαλληνιακής Βιολέτας (Viola cephalonica). Σε μια προσπάθεια προστασίας της από τις ανθρώπινες επιδράσεις, κατασκευάστηκε το 2008, περίφραξη από το Φορέα Διαχείρισης Εθνικού Δρυμού Αίνου με τη συνδρομή της Διεύθυνσης Δασών Κεφαλληνίας.
Παράνομες Υποδομές
Περιμετρικά του πυρήνα του Εθνικού Δρυμού Αίνου παρατηρούνται ιδιωτικές εκτάσεις αγροτεμαχίων και βοσκοτόπων. Αν και στη σημερινή εποχή το καθεστώς του Εθνικού Δρυμού έχει θεσμοθετηθεί και δεν θα έπρεπε να κινδυνεύει από ιδιωτικές διεκδικήσεις, μολαταύτα έχει παρατηρηθεί η ύπαρξη παράνομων υποδομών εντός του πυρήνα του Εθνικού Δρυμού (π.χ. ιδιωτικές περιφράξεις)